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イギリスの貴族の息子であるジョナサン・ジョースター（愛称・ジョジョ）が、シリーズ通して因縁の相手となるディオと、初めて戦う・・・というお話です。

本作に登場するのはディオ・ブランドー。彼は、貧しく恵まれない家庭で育ちました。そんな二人が出会ったのは、ディオがジョナサンの家に住むことが決まったからです。

ジョナサンが恵まれた家庭でのんびり生きていることが気に食わないディオ。

そんなディオは、ジョナサンに嫌がらせをしていくうちに、吸血鬼を産み出す不思議な仮面を手に入れることになります。その名も、「石仮面」。

その吸血鬼を倒すことができるのが、「波紋」と呼ばれる呼吸法でした。ジョナサンはこの波紋を使い、ディオとその配下の吸血鬼たちと戦うことになるのでした。

移動中ですら襲いかかってくる吸血鬼たち。ジョナサン一行は、犠牲を生みながらもなんとか吸血鬼とディオに打ち勝つことができました。

ここまでが漫画では第一部・ファントムブラッドと言われています。

第二部・戦闘潮流は、第一部から約50年後のアメリカが舞台。

ジョナサンの親友だったスピードワゴンが、メキシコで石仮面と柱の男を発掘したことから、物語が始まります。

主人公は、ジョナサンの孫・ジョセフ。波紋を使い、メキシコで柱の男を倒した後、ローマへ飛んで、ここでも柱の男たちと戦う羽目になります。

しかし、勝つためには波紋を磨き上げなければならない。リサリサに師事し、兄弟子であるシーザーと共に、呼吸法を学ぶことになりました。

シーザーは、戦闘中に命を落としてしまうことになりますが、ジョセフは辛くも柱の男たちに勝利することができました。

第一部で倒したはずのディオが、実は完全消滅しておらず・・・というお話です。なお、ここからは「波紋」ではなく、「スタンド」を駆使して戦うことになります。

主人公は、空条承太郎。なんと、母親であるホリィが、ディオの影響を受けて危篤になってしまいます。そこで、承太郎はジョセフたちと、ディオを倒す旅に出ることになるのでした。

日本を旅立ち、エジプトのディオの元へ向かう道中は、次から次へとディオの配下のスタンド使いが襲ってくる旅でした。特に、夢の中で攻撃してくる赤ん坊はかなりの強敵でしたね。

やっとディオの元へとたどり着いた承太郎たち。ディオのスタンドは、時を止める能力があり、かなり強力なものです。承太郎たちはディオのスタンド能力が分からず苦戦しますが、仲間である花京院が、秘密を暴くことに成功。花京院の他にも、アヴドゥルやイギーと言った仲間たちを次々に失ってしまいますが、今回もジョジョはディオに打ち勝つことができたのでした。

賛否両論あるのがこの第四部。スターダストクルセイダースからわずか10年後の日本を舞台にしたお話です。

承太郎が、ジョセフの遺産分配のため、調査をしたところ、彼の隠し子が日本にいることが発覚。彼に会いにくるところからスタートします。

その隠し子が本作の主人公となる、東方仗助でした。どうやら、ここ杜王町では、特殊な弓と矢を使って、後天的にスタンド使いを産み出すという事件が起きていました。

仗助は、承太郎と共に、その弓と矢を追うことになります。

本作のボスとなるのが、吉良吉影。連続殺人鬼で、スタンド使いでもあります。仗助たちは、一度彼を追い詰めるのでしたが、別のスタンドの能力を利用して顔を作り替え、別人として逃げ遂せることに成功。

ただ、息子が抱いた違和感により、仗助たちは吉良吉影を特定することができました。最後の戦いが終わり、杜王町で起きていた一連の事件は終焉を迎えることになったのです。

第5部となる黄金の風。ここでは、再びディオが絡んできます。というのも、主人公はディオの息子であるジョルノ・ジョバーナなのです。イタリアで育った彼は、名前も知らないギャングに憧れを抱き、ギャングスターになることを夢見るようになりました。

そこで、ギャング組織パッショーネのボスとなるべく、ブチャラティやボスのディアボロと戦うことに。

スターダストクルセイダーズで、承太郎たちと一緒にディオと戦ったポルナレフの助言も

あり、ジョルノはディアボロに永遠の死という概念を与え、彼に打ち勝つことができました。そして、ジョルノは無事に（？）パッショーネのボスの座につき、ギャングスターを目指していくことになりました。